Českobratrská církev evangelická vznikla v roce 1918 spojením Evangelické církve augsburského vyznání a Evangelické církve helvétského vyznání. Tyto dvě církve působily na českém, moravském a slezském území od doby, kdy Josef II. vydal v roce 1781 Toleranční patent a lidé se mohli k těmto dvěma vyznáním veřejně přihlásit a scházet se. V prvních letech se k protestantismu přihlásilo 78 000 duší. Až do roku 1861, kdy byl vydán Protestantský patent, museli však evangelíci dodržovat přísné restrikce.
Českobratrská církev evangelická měla po svém vzniku v roce 1918 zhruba 250 000 členů. Německy mluvící evangelici vytvořili v roce 1919 vlastní Německou evangelickou církev. V roce 1919 byla založena Husova bohoslovecká fakulta (dnes je Evangelická teologická fakulta součástí Univerzity Karlovy v Praze). Počet členů církve postupně vzrostl až na 325 000 v roce 1938. Za druhé světové války se církev účastnila odboje na okupovaném území protektorátu Čechy a Morava. Tajně se také vyučovala teologie.
Po komunistickém převratu se v církvi objevovaly dva neslučitelné směry – jedna část protestovala proti porušování lidských práv, druhá se pokoušela o kladné přijetí, ba dokonce legitimizaci nového režimu. Kazatelé a členové církve byli vězněni či zbavováni souhlasu k vykonávání duchovenské služby.
Dva členové Českobratrské církve evangelické se stali symboly boje proti komunistickému režimu: Milada Horáková, která byla odsouzena v zinscenovaném politickém procesu a v roce 1950 popravena, a Jan Palach, který sám sebe zapálil v roce 1969 na protest proti invazi vojsk Varšavské smlouvy v srpnu 1968.
Toto období je detailně popsáno na webu cestacirkve.evangnet.cz.
V roce 1989 se Českobratrská církev evangelická výrazně zapojila do společenských změn. Byla obnovena činnost Diakonie ČCE (navázala na činnost České diakonie, která vznikla v roce 1903 a působila až do roku 1952, kdy byla zakázána režimem). Znovu se začaly konat Sjezdy mládeže, otevřely se nové možnosti práce s dětmi. Církev přijala nové výzvy a úkoly, které s sebou přináší život ve svobodné, demokratické společnosti.
V rámci křesťanství postupně vykrystalizovaly tři samostatné tradice: římsko-katolická, východní (pravoslavná) a evangelická (protestantská). Všechny představují základní a rovnocenné modely křesťanského života, které se v průběhu dějin vytvořily. V základních věcech se shodují, protože vycházejí ze stejných kořenů biblického svědectví o Ježíši Kristu. V některých dílčích důrazech se však liší, protože různě rozvíjejí mnohotvárné svědectví prvotní církve. Východní církve jsou na západní církvi nezávislé od roku 1054. Dělící čára mezi římskými katolíky a evangelíky vznikla v 16. století během tzv. reformace, kdy snaha o nápravu církve vedla nejen k potřebným změnám, ale způsobila také její rozdělení. Mnohé dřívější odlišnosti jsou však dnes již odstraněny a mnohé hořkosti uzdraveny.
Evangelická zbožnost buduje víru více na osobním vztahu k Bohu než na příslušnosti k církvi. Každý věřící je před Bohem zodpovědný sám za sebe. Nemůže se odvolávat na poslušnost církvi, ale pouze na Boží slovo dosvědčené Písmem. Pro evangelíky je jediný a postačující základ jejich víry Bible. Co není v bibli výslovně ustanoveno, nepovažuje evangelická církev za podstatné a mnohé z toho, co se v průběhu staletí v křesťanství objevilo, odmítá. K některým tradicím se však postupně vrací (církevní rok, bohatší liturgie, obrazy v kostele, společný život křesťanů v komunitě atd.). V evangelických církvích je každá situace vnímána jako jedinečná a člověk se musí rozhodovat podle svého svědomí. Evangelické církve většinou nestanoví přesně daná pravidla chování, ale vydávají obecná doporučení na základě studia Písma a současných odborných poznatků, v kterých nabízí svým členům vodítko pro jejich rozhodování. Evangelické církve netvoří jednotnou organizaci jako církev římskokatolická. V katolické zbožnosti sice existují také různé směry a tradice, ale všechny spojuje autorita biskupů a papeže. Evangelické církve nedokázaly podobnou jednotu udržet a rozdělily se v průběhu staletí na mnoho směrů a samostatných církví. Žádná církev nemá „monopol“ na podobu víry a mohou se tak vedle sebe uplatnit různé důrazy, formy a bohatost života vyrůstajícího z evangelia. Různá teologická pojetí a způsoby zbožnosti se nemusí vylučovat, ale navzájem doplňovat a obohacovat. Jednotu církve, kterou si Ježíš přál, není třeba hledat v její uniformitě a organizačním sjednocení, ale spíš ve vzájemném uznání a společném slavení svátostí. Úsilí o jednotu církve je cílem tzv. ekumenického hnutí.