ČCE je spravována ve třech úrovních. Struktura ČCE je velmi demokratická a na všech úrovních dbá na vyvážené postavení duchovních a laiků. Každý sbor má vlastní právní subjektivitu a hospodaření, v rámci církevní struktury zároveň existují pravidla a mechanismy, které drží celek církve pohromadě a vytvářejí prostor pro sdílení a solidaritu silnějších sborů se slabšími.
Všechny tři úrovně mají své představitele, správní orgány a širší shromáždění k rozhodování zásadnějších otázek.
Statutáři: farář a kurátor (společně)
Správní orgán: staršovstvo (na 6 let)
Volitelé: členové sboru
Volební shromáždění: sborové shromáždění (s předsedou)
Statutáři: senior a seniorátní kurátor
Správní orgán: seniorátní výbor (na 6 let)
Volitelé: konvent (zástupci sborů)
Volební shromáždění: konvent (s předsednictvem)
Stautáři: synodní senior a synodní kurátor
Správní orgán: synodní rada (na 6 let)
Volitelé: synod (zástupci seniorátů)
Volební shromáždění: synod (s předsednictvem)
Kromě sborového života zřizuje církev sociální organizace v Diakonii a školy v rámci Evangelické akademie. Spravuje majetek, provozuje rekreační střediska a pro financování platů duchovních vytváří personální fond. Podporuje práci s různými věkovými skupinami.
V rámci podpory sborů je každoročně organizována sbírka s názvem Jeronýmova jednota, která je určena na rekonstrukce objektů a z náhrad od státu financuje menši projekty sborů a seniorátu přes projekt Diakonických a rozvojových projektů (DARP).
Synod je nejvyšší zákonodárné a řídící shromáždění (parlament) Českobratrské církve evangelické, složené ze 74 volených poslanců z jednotlivých seniorátů (napůl duchovní a napůl laici) a Evangelické teologické fakulty Univerzity Karlovy. Kromě toho na každé zasedání povolává poradce, kterými jsou většinou odborníci na určité oblasti církevní práce, zaměstnanci církevního ústředí nebo bývalí členové vedení církve. Synod zasedá jednou ročně v květnu a rozhoduje o dalším směřování církve. Ze svého středu volí synodní radu.
Synodní rada je nejvyšší správní orgán Českobratrské církve evangelické, který je volený synodem na šest let. Je šestičlenná (tři duchovní a tři laici). V čele stojí nejvyšší představitelé církve: synodní senior/ka (duchovní) a synodní kurátor/ka (laik). Zasedání se konají v Praze jednou za dva týdny. Nejnovější prohlášení SR najdete zde. Souhrnně za poslední dva roky pak také v dokumentu níže. Pro svou činnost si zřizuje Ústřední církevní kancelář.
Ústřední církevní kancelář pomáhá synodní radě plnit její úkoly, vyřizuje věci dané synodem, potřebami sborů, činností poradních odborů. Zřizuje ji synodní rada z odborníků pro jednotlivé úseky církevní práce.
Ústřední církevní kancelář Českobratrské církve evangelické sídlí v Husově domě v Jungmannově 9 v Praze 1. S myšlenkou vytvořit v Praze náboženské a duchovní středisko pro české evangelíky přišli již v devadesátých letech 19. století studenti. Od nápadu k uskutečnění bylo však ještě daleko. Až v roce 1912 byly v Jungmannově ulici zakoupeny dva domy s velikým dvorem (původně středověký dům, renesančně a barokně přestavován).
V roce 1923 začala přestavba tehdy dvoupatrového domu podle návrhu architekta Bohumíra Kozáka a Husův dům byl slavnostně otevřen 1. května 1924. Na průčelí budovy je socha mistra Jana Husa od sochaře Jana Ladislava Kofránka a symboly Bible a beránka. V prostorách domu sídlila tehdy nejen synodní rada, ale nacházely se tam také místnosti pro shromažďování a ubytování studentů a hostů.
Architekt Kozák navrhl ve třicátých letech 20. století novostavbu nádvorního traktu. Stavba byla dokončena v roce 1937. Byl zde vybudován velký sál, přibyly kanceláře i archiv. Husův dům byl přechodně domovem pro studenty, působištěm Komenského bohoslovecké fakulty (dnes Evangelická teologická fakulta Univerzity Karlovy), sídlila zde také Diakonie ČCE. V té době bylo zřízeno také evangelické knihkupectví Kalich, které v něm sídlí dodnes. Na stejné adrese se nachází také Church Pension.
Dům je chráněn jako kulturní památka České republiky.