Jako církev zřizujeme ke svému poslání též Diakonii ČCE, školy Evangelické akademie a nakladatelství Kalich. Provozujeme též církevní rekreační střediska.Vydáváme interní časopis Český bratr.
Pro správu financí církve zřizujeme Investiční fondy a část prostředků ukládáme ve společnosti ČCE Reality, a.s. Kontrolou těchto fondů je pověřen Investiční výbor. Pro svou činnost zřizujeme podpůrné interní fondy – Personální fond, Jeronýmovu jednotu a grantový systém zvaný Diakonické a rozvojové projekty (DARP).
Spolupracujeme s Evangelickou teologickou fakultou Univerzity Karlovy na přípravě duchovních.