Neben der Arbeit in den Gemeinden engagiert sich die EKBB auch in der Seelsorge in verschiedenen Institutionen, wie Krankenhäusern und Gefängnissen. Seelsorger in diesen Einrichtungen können sowohl Pfarrer und Pfarrerinnen als auch Ehrenamtliche sein, die von der Kirche dazu entsandt wurden.
Im folgenden Artikel berichtet Gefängnisseelsorger Daniel Pfann von seinen Erfahrungen in der europäischen und besonders tschechisch-deutschen Zusammenarbeit in der Gefängnisseelsorge.