Die Evangelische Kirche der Böhmischen Brüder ist seit ihrer Gründung 1918 in der ökumenischen Bewegung engagiert. Sie ist Mitglied einer Reihe von ökumenischen Institutionen:
Die EKBB arbeitet außerdem eng mit dem Hilfswerk der Evangelischen Kirchen der Schweiz (HEKS) und mit dem Hilfswerk der evangelischen Kirchen in Deutschland, dem Gustav-Adolf-Werk zusammen.
Die Kirche hat auch viele bilaterale Beziehungen mit einer großen Zahl von Kirchen auf der ganzen Welt. Die Partner sind vor allem reformierte, lutherische, unierte und presbyterianische Kirchen in Europa, den USA und Südkorea. Wir unterhalten auch enge Beziehungen zu evangelischen Gemeinden in Osteuropa, deren Wurzeln in Exilbewegungen liegen. Ökumenische Aktivitäten gibt es auf der Ebene einzelner Gemeinden, wie etwa gemeinsame Gottesdienste oder Kooperation mit Partnergemeinden im Ausland.
Für ausländische Interessenten gibt die Evangelische Kirche der Böhmischen Brüder die Evangelischen Nachrichten aus Tschechien auf Englisch und Deutsch heraus.